首部曲 亞特蘭提斯I：海底遺跡 故事背景：
考古學家發現了傳說中的地方——亞特蘭提斯，找來玩家幫忙到不同的地方尋找線索，再前往海底探索一番。
在亞特蘭提斯遺跡中，考古學家發現各種古代的文物，為作出進一步研究，考古學家讓玩家幫忙解開文物的謎題。海神的長子阿特拉斯為阻止古代文明被發現，亦出現在他們面前，請他們幫忙各種事情，引導他們往錯誤的方向研究。

亞特蘭提斯人要維護古代文明的秘密，若被父親海神波塞頓發現入侵者，更是少不了一番懲罰。
終於，考古學家及玩家探索到中央的地方，發現似乎有什麼方法可以開啟機關...

二部曲 亞特蘭提斯II：消失之謎 故事背景：
開啟機關後，考古學家及玩家來到一個全是高科技的城市，周圍環境及有些建築，就像剛剛探索過，但不是殘破而是完好無缺的樣子。考古學家猜到他們應該是回到過去的時空，回到亞特蘭提斯還是繁榮發達的時代！